Los dos factores básicos que condicionan las comunidades vegetales marinas del litoral, son la intensidad luminosa (transparencia del agua) y el tipo de sustrato.
En Tabarca las aguas son muy transparentes, con un espesor efectivamente iluminado entre 22,5 y 47,5 metros de profundidad, esto permite que las plantas puedan vivir a mayores profundidades y por lo tanto que las comunidades biológicas sean especialmente ricas.
La zona es un importante área de cría de numerosas especies pelágicas de interés pesquero.
En función del tipo de sustrato podemos distinguir básicamente dos comunidades:
a. Las de sustrato blando, dominadas por la pradera de Posidonia oceánica, especie muy importante pues, además de producir gran cantidad de oxígeno y ser la base de las cadenas alimentarias, estabiliza los fondos arenosos y evita consecuentemente la erosión; tiene un papel comparable al de los bosques en el medio terrestre.
b. Las de sustrato duro o rocoso, donde viven diversas especies de algas, adaptadas en función de la cantidad de luz que reciben, las más superficiales son las algas verdes, ricas en clorofila, y las más profundas son las algas rojas, que poseen otros pigmentos más eficaces para captar la menor intensidad luminosa.
Los animales, en muchos casos, dependen en su alimentación directa o indirectamente de las plantas y viven asociados a una determinada comunidad vegetal, en otros casos dependen más del tipo de sustrato, por ejemplo los filtradores (como los corales, actinias y ascidias), que se alimentan de la materia orgánica en suspensión y que al vivir fijos sobre el sustrato compiten con los vegetales por el espacio.
Flora
Los fondos marinos de Tabarca presentan, debido a su protección desde 1986 y su escasa o nula contaminación por aguas residuales, un excelente enclave para el desarrollo de comunidades y especies dignas de protección.
Entre las algas destaca la abundancia de especies indicadoras de aguas limpias, particularmente las feofíceas del género Cystoseira. También son abundantes algunas especies de carácter tropical como Anadyomene stellata, Hypnea cervicornis y Penicillus capitatus.
Las praderas de fanerógamas marinas, formadas por plantas de los géneros Posidonia y Cymodocea, se encuentran muy desarrolladas, particularmente la Posidonia oceánica, que rodea todo el perímetro de Tabarca en profundidades de 0 a 30 metros.
Fauna
Los peces son el elemento de la fauna marina que más rápidamente se ha recuperado con el establecimiento de la reserva marina, entre ellos los grandes serránidos como el mero, el dot, el cherne, el gitano y los grandes espáridos como el dentón, la dorada y el pargo.
Entre los invertebrados de interés faunístico, los moluscos vermétidos que construyen plataformas, almohadillas y pequeños atolones en toda la plataforma de abrasión de Tabarca, las nacras y gorgonias, comienzan a ser de nuevo frecuentes, destacan también los abundantes erizos de mar, estrellas de mar, cangrejos, caracolas y esponjas.
La pradera de Posidonia presenta una rica fauna vágil entre la que se puede citar: erizos de mar, crustáceos, moluscos y peces como la salpa, la oblada, etc., mientras que las poblaciones de grandes crustáceos reptadores como la cigarra de mar y la langosta, parecen haber aumentado significativamente.
También son frecuentes en la zona ejemplares adultos de la tortuga boba (Caretta caretta).