La crisis salina del Mesiniense consistió en la desecación casi completa del Mediterráneo y tuvo lugar durante la edad Mesiniense como consecuencia de la desconexión marina con el Océano Atlántico.
La evaporación en el Mediterráneo supera la precipitación recogida por los ríos que en él drenan, por lo que la reducción del intercambio de agua con el Atlántico causó una rápida caída del nivel del Mar Mediterráneo. Esta evaporación produjo la deposición de grandes cantidades de sal en el fondo marino.
La crisis de salinidad del Messiniense es un acontecimiento mayor en la evolución del Mediterráneo que se caracteriza por la precipitación de evaporitas tanto en sus llanuras abisales como en las cuencas marginales.
Las evaporitas están compuestas principalmente por yeso, anhidrita y halita, indicando unas condiciones de depósito marinas extremadamente someras. A raíz del hallazgo de evaporitas en las llanuras abisales se derivó la hipótesis de cuenca profunda desecada, según la cual durante el Messiniense se produjo una caída del nivel del mar de más de 1500 metros.
Como consecuencia de tal descenso del nivel del mar en el Mediterráneo se excavaron profundos cañones erosivos en sus márgenes, en coincidencia con los principales sistemas de drenaje (ríos Ródano y Nilo). La crisis de salinidad tuvo su origen por el cierre de las vías marinas (pasillos Bético y Rifeño) que comunicaban el Mediterráneo y el Atlántico. La edad del inicio de la crisis, cuando comienza la precipitación de las evaporitas, se ha establecido en torno a los 5.9 millones de años.
La crisis termina definitivamente con la reinundación del Mediterráneo a la base del Plioceno, cuya causa fue la apertura de una nueva vía marina (el Estrecho de Gibraltar) que no existía ni durante ni anteriormente a la crisis de salinidad.